У січні 1990 року з ініціативи завідуючої відділом освіти Інни Ляшенко у місті було відкрито новий позашкільний заклад еколого-натуралістичного профілю, який очолив Сергій Корнієнко. Станція юних натуралістів досить швидко набула популярності серед учнівства міста Шостки і стала авторитетною школою виховання юних природолюбів. 

Упродовж 30 років в позашкільному освітньому закладі навчалось і виховувалось понад 15 тисяч хлопчиків і дівчаток. Перші покоління юннатів вже стали дорослими і тепер залюбки приводять до станції своїх дітей.

Невтомною працею педагоги юннатів утверджують у свідомості підростаючого покоління бажання жити й творити в гармонії з природою, оберігати її плекати красу і неповторність.

Перші педагоги були молоді, як і сам заклад, але всі без винятку докладали максимум зусиль до становлення і розвитку станції юннатів. За короткий період часу колишня будівля одного з корпусів старої школи №6, де знаходилася станція, перетворилась у красиве затишне приміщення з навчальними кабінетами, а територія навколо будівлі забуяла килимом квітів та декоративних рослин. На той час станцію відвідували не тільки учні з школи №6, але і навчальні заклади таких шкіл як 3, 4, 5, 8, 11.

Для потреб вихованців гуртків, створювались належні умови для їх навчання відкривались нові профілі гуртків.

Ігор Сайко опікувався «Юними акваріумістами», Наталія Горох «Юними квітникарями», Тетяна Несвітайло «Юними овочівниками», Людмила Юркутє «Юними екологами», Марина Мартиненко організовувала змістове дозвілля, лікарським рослинництвом Тетяна Дегтяр, Тетяна Костюченко завідувала господарством.

Поступово кількість гуртків збільшувалась до педагогічного колективу влились Світлана Комісарова, Валентина Швець, Володимир Мужицький, Андрій Бондар, Ірина Дудченко, Марія Мова, Оксана Гутянко та Алла Самойленко.

З ініціативи педагогів та вихованців станції юннатів в місті було започатковано проведення весняного екологічного місячника природоохоронної та екологічної роботи серед дітей та учнівської молоді.

В 1994 році на території станції школярі заклали сквер і розбили квітник.

Важливою подією для станції стало проведення у липні 1995 року Всеукраїнського семінару директорів обласних і міських еколого-натуралістичних центрів, за участю представників Міністерства освіти та екології.

У грудні 1997 року в історії юннатівського позашкільного закладу з’явилась нова сторінка.

Станцію було переведено в приміщення колишнього дитячого садка №3 «Берізка» за новою адресою по вулиці Депутатській 6А. І знову все почалося з початку. Ремонт і облаштування навчальних аудиторій, створення навчально-дослідної земельної ділянки на місці ігрових майданчиків садочка. Наче зелені паростки крізь шар асфальту проростала та розквітала станція юннатів на новому місці. Оновився і педагогічний колектив. В закладі почали працювати Микола Медвідь, Віктор Мужило, Людмила Єрьоменко, Оксана Кохановська, Людмила Остапенко, Оксана Тимошенко, Теяна Черкай, Ірина Радченко, Тетяна Денисова, Олександр Бадрак, Валентина Кривоніс.

За десятки років заклад невпізнанно змінився. Зусиллями колективу було створено лабораторію рослин закритого грунту «Зимовий сад», зоолабораторію «Куточок живої природи», музей народознавства та етнографії «Світлиця», обладнано виставкову залу та заново відроджено навчально-дослідну земельну дялянку з міні дендрарієм та садом лікарських рослин.

Щороку станція проводить загальноміські і регіональні масові заходи до яких долучаються тисячі школярів міста.

Юннати беруть активну участь у екологічних та природоохоронних заходах, стають переможцями обласних, Всеукраїнських і міжнародних конкурсах, соціально-освітніх проектах, акціях.

У 2014 році заклад увійшов до складу «Золотої когорти позашкілля України». Досвід роботи Шосткинської станції юних натуралістів був узагальнений Національним еколого-натуралістичним центром і поширений серед позашкільних закладів України.

Враховуючи, реалії сьогодення щодо модернізації освітньої діяльності на сучасному етапі педагогічний та учнівський колектив розробляє та реалізує низку власних науково-освітніх проектів з екології, біології, народознавства. Досить ефективною у закладі є просвітницька еколого-натуралістична робота серед населення міста і району, спільні проекти з засобами масової інформації зокрема проекти, «Зелена лінія» та «Нотатки юного науковця» (Телекомпанія «Телеком-сервіс»).

При станції діє «Юннатівська школа сприяння здоров’я», яку занесено до обласної мережі шкіл як одну з кращих. Щороку під час літніх канікул гостинно відкриває свої двері профільний оздоровчий табір «Юннат», де оздоровлюються і відпочивають понад 40 дітей.

Шосткинська міська станція юних натуралістів має свої здобутки і стала відомою за межами міста і області. Її вихованці п’ятий рік поспіль гідно представляють Сумську область на Всеукраїнському практикумі з ботаніки та Всеукраїнському природоохоронному конкурсі «Зелена естафета», де здобувають призові місця.

З метою активізації дослідницької діяльності юннатів в галузі біології та екології у 2018 році було створено «Деснянську лігу натуралістів» з центром у місті Шостка. До її складу увійшли позашкільні заклади міст Новгород-Сіверського, Кролевця, Середино-Буди, Конотопа, а також науковці Національного природного парку «Деснянсько-Старогутський».

Вже стало доброю традицією проводити в місті екологічні акції з озелення за участю педагогів, вихованців та учнівської молоді. Руками юннатів у місті висаджено сотні дерев, декоративних чагарників та тисячі екземплярів квітів. У відділках НДЗД продовжується практична експерементальницька робота з інтродукції рідкісних декоративних рослин. Юннати розмножують та вирощують садженці різноманітних рідкісних деревних рослин, які у подальшому висаджуються на Шосткинських вулицях, у парках і скверах.

Керівники гуртків, як наставники своїх вихованців постійно прищеплюють їм любов до природи, до всього сущого на Землі, вміють розгледіти й підтримати щире дитяче захоплення природою. Слід зазначити, що у творчому педагогічному колективі 4 відмінника освіти України, троє педагогів нагороджених почесною грамотою Міністерства освіти і науки України, один лауреат обласної премії імені Антона Макаренка.

Станція впевнено крокує вперед створюючи належні умови для всебічного розвитку еколого-натуралістичної освіти та задоволення потреб й інтересів своїх вихованців.